Pemaju utama Assassin's Creed Shadows telah memberi jaminan kepada peminat bahawa memilih untuk memberi tumpuan kepada protagonis tunggal tidak akan menyebabkan kehilangan kandungan yang signifikan. Dalam permainan, pemain boleh memilih antara dua protagonis: Naoe, seorang shinobi wanita, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah yang dimasukkannya telah mencetuskan banyak perbincangan.
Sesetengah peminat bimbang bahawa memihak kepada satu watak mungkin bermakna elemen cerita penting atau pengalaman permainan. Jonathan Dumont, pengarah kreatif, menangani kebimbangan ini dengan berkongsi pendekatan seimbangnya untuk bermain permainan:
"Saya cenderung beralih antara watak-watak yang agak sama rata. Sebagai contoh, saya mungkin menghabiskan 3-5 jam dengan satu protagonis, kemudian beralih dan bermain 2-3 jam lagi dengan yang kedua."
Walau bagaimanapun, Dumont menekankan bahawa pemain tidak akan menjadi kelemahan utama jika mereka lebih suka satu watak yang lain. Dia menjelaskan bahawa walaupun setiap protagonis mempunyai urutan pembukaan yang unik dan arka cerita peribadi, permainan ini direka untuk menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain mengikuti pilihan mereka:
"Saya tidak percaya anda akan terlepas banyak, ia benar -benar datang ke playstyle peribadi anda. Anda mungkin berfikir, 'Baiklah, saya akan melihat bagaimana permainan menyesuaikan berdasarkan watak yang saya pilih.' Setiap wira mempunyai perkenalan unik dan questlines yang berdedikasi, tetapi pengalaman teras adalah fleksibel.