Nhà phát triển chính của Assassin Creed Shadows đã trấn an người hâm mộ rằng việc chọn tập trung vào một nhân vật chính sẽ không dẫn đến việc bỏ lỡ nội dung quan trọng. Trong trò chơi, người chơi có thể chọn giữa hai nhân vật chính: Naoe, một nữ Shinobi và Yasuke, một samurai châu Phi lịch sử, người đã đưa ra nhiều cuộc thảo luận.
Một số người hâm mộ lo lắng rằng việc ủng hộ một nhân vật có thể có nghĩa là thiếu các yếu tố câu chuyện quan trọng hoặc trải nghiệm chơi trò chơi. Jonathan Dumont, giám đốc sáng tạo, đã giải quyết những lo ngại này bằng cách chia sẻ cách tiếp cận cân bằng của mình để chơi trò chơi:
"Tôi có xu hướng chuyển đổi giữa các ký tự khá đồng đều. Ví dụ, tôi có thể dành 3-5 giờ với một nhân vật chính, sau đó chuyển đổi và chơi thêm 2-3 giờ với lần thứ hai."
Tuy nhiên, Dumont nhấn mạnh rằng người chơi sẽ không gặp bất lợi lớn nếu họ thích một nhân vật hơn người kia. Ông giải thích rằng trong khi mỗi nhân vật chính có các chuỗi mở đầu độc đáo và các câu chuyện cá nhân, trò chơi được thiết kế để thích nghi với sự lựa chọn của người chơi. Ông khuyến khích người chơi làm theo sở thích của họ:
"Tôi không tin rằng bạn sẽ bỏ lỡ rất nhiều. Nó thực sự thuộc về phong cách chơi cá nhân của bạn. Bạn có thể nghĩ, 'Được rồi, tôi sẽ xem trò chơi điều chỉnh dựa trên nhân vật tôi chọn.' Mỗi anh hùng có những lời giới thiệu độc đáo và các nhiệm vụ chuyên dụng, nhưng trải nghiệm cốt lõi là linh hoạt.